Der Verwaltungsrat ist das oberste Leitungsgremium der Otto Brenner Stiftung. Seine Beschlüsse werden von der Geschäftsführung (seit April 2008 Jupp Legrand und Wolf Jürgen Röder) umgesetzt. Soweit der Verwaltungsrat nichts Abweichendes beschließt, führen die Geschäftsführer die laufenden Geschäfte selbstständig. Der Verwaltungsrat besteht (ab 05/2009) aus dem Vorsitzenden (Berthold Huber), dem stellvertretenden Vorsitzenden (Bertin Eichler) sowie fünf weiteren Mitgliedern (Wolfgang Rhode, Hermann von Schuckmann, Gerd Lobodda, Rüdiger Klein und Otto König).
Laut Satzung der Otto Brenner Stiftung leitet der Verwaltungsrat die Stiftung, wacht über die Einhaltung des Stifterwillens und berät bzw. entlastet die Geschäftsführung. Der Vorsitzende des Verwaltungsrats vertritt zudem die Stiftung bei Rechtsgeschäften mit der Geschäftsführung. Im Einzelnen unterliegen der Beschlussfassung des Verwaltungsrates